Az antibiotikumok nem megfelelő (indokolatlan, helytelen vagy túlzott) alkalmazása súlyos közegészségügyi veszélyt jelent, felgyorsítja az antibiotikummal szemben ellenálló, úgynevezett rezisztens baktériumok megjelenését és elterjedését. A rezisztens kórokozók által okozott fertőzések súlyosabbak, a fertőzötteknél magasabb a halálozási arány, mint az antibiotikumokra érzékeny baktériumok által okozott esetekben. Az ilyen fertőzések gyógyítása a megfelelő antibiotikumok hiánya miatt korlátozott, a terápiás költségek lényegesen magasabbak.

Számos európai országban − hazánkban is − megjelentek a multirezisztens (számos antibiotikum-csoporttal szemben ellenálló) kórokozók mellett az úgynevezett panrezisztens kórokozók is. Ez azért veszélyes, mert a panrezisztens kórokozók által kiváltott fertőzés esetén gyakorlatilag nincs terápiás lehetőség, ugyanis ezek a kórokozók valamennyi jelenleg létező antibiotikummal szemben ellenállók. A közeljövőben nem várható új antibiotikumok megjelenése, így egyre nagyobb a veszélye annak, hogy az antibiotikumok a jövőben nem lesznek elég hatékonyak a fertőzések leküzdésében.