Az árvizet okozó csapadékos periódus május 30-án kezdődött, akkor elsősorban Győr és Linz között, nagy területen 15-20 milliméternyi eső hullott. Az intenzív esőzés éjszaka is folytatódott, a 20-25 milliméternyi csapadék főleg a felső szakaszra koncentrálódott. Május 31-én ismét Bécs és a forrásvidék között esett jelentős, átlagosan 20 milliméter körüli csapadék. A következő 24 órában inkább csak a felső szakaszon hullott jelentősebb mennyiségű eső, viszont a hegyek között néhány mérőhelyen 24 óra alatt 100 millimétert meghaladó értéket is mértek.

A meteorológusok szerint ha június 1-jén befejeződött volna az esőzés, vagy az előző napokhoz hasonló mennyiségű csapadék hullott volna le, csak egy jóval gyengébb árhullám alakult volna ki a Dunán. Június 1-jén éjjel azonban ismét rendkívül intenzíven kezdett esni. Főként Linz és Passau között, széles sávban, területi átlagban 70 milliméternyi csapadék hullott le. Másnap folytatódott az esőzés, az Inn, az Isar és a Traun vízgyűjtőin újabb 40 milliméter csapadékátlaggal. Az intenzív csapadékos periódus június 2-án estére véget ért, de még több napon keresztül esett kisebb, 5-10 milliméternyi eső a térségben.

Összességében tehát a német-osztrák határ közelében június 2-án reggel 8 óráig, 36 óra alatt többfelé hullott 150 milliméternyinél több eső. Az extrém mennyiségű csapadék szinte azonnal elindította az árhullámot. A magasabb területeken még meglévő hó a ciklon hideg levegőjében nem olvadt el, így az áradásban a hóolvadás nem játszott szerepet - olvasható Horváth Ákos, Nagy Attila és Simon André meteorológusok tanulmányában.