Az erről szóló kormányhatározat szerint a kormánybiztos tevékenységét a miniszterelnök irányítja, feladata ellátásáért a miniszterelnöknek felelős.A kormánybiztos ezt a tevékenységét díjazás nélkül látja el - derül ki a Magyar Közlönyben megjelent kormányhatározatból. Tevékenységét szükség szerint legfeljebb négyfős titkárság segíti, amelynek elhelyezéséről a Miniszterelnökség gondoskodik.

Petykó Zoltán, az NFÜ korábbi elnöke saját kezdeményezésére közös megegyezéssel az idén április 30-ai hatállyal mondott le 2010 júniusától betöltött tisztségéről.

Az NFÜ felügyelete egy korábbi kormányrendelet alapján kerül át a Miniszterelnökséghez a Nemzeti Fejlesztési Minisztériumtól augusztus elsején. A 2013. július 31-én hatályba lépő rendelet szerint a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséget a miniszterelnök irányítja, aki ezt a feladatot a Miniszterelnökséget vezető államtitkár útján látja el.