Az ÁSZ szükségesnek tartja az államháztartás pénzügyi belső ellenőrzési rendszerének rendszerszemléletű újragondolását, a PM Informatikai Szolgáltató Központ (PMISZK) funkcióinak felülvizsgálatát, a vám- és az adóhatóság közötti adatcsere rendszerének korszerűsítését is. A számvevők javasolják továbbá, hogy a pénzügyminiszter rendszerszerűen tekintse át az előirányzat-maradványok keletkezésének okait, annak alapján kezdeményezze a szabályozásban szükséges változtatásokat. A Költségvetési Gazdálkodási Rendszer (KGR) projekttel kapcsolatban a számvevők azt javasolják, hogy a miniszter még a támogatási szerződés megkötése előtt gondoskodjon a lényeges kockázati tényezők (ilyennek tekintik egyebek között a külső szakértőknek, fejlesztőknek való kiszolgáltatottságot, az érintett intézmények ellenállását) pótlólagos értékeléséről; a projekt költségvetésének részletes számításokkal való alátámasztásáról, a túlbecsült menedzsment-költségek, illetve az alulbecsült bevezetési költségek korrekciójáról; a projekt szakmai tartalma, illetve az államháztartási reform közötti folyamatos összhangról - írta az MTI. A jelentés egyebek mellett megállapítja: a kormány 2000-ben és 2004-ben is célul tűzte ki az államháztartási reform átfogó előkészítését, a kijelölt feladatok azonban nem teljesültek, és a helyszíni ellenőrzés lezárásáig is aktuálisak maradtak. A PM ezzel szemben a jelentéshez fűzött észrevételében úgy vélekedik: az államháztartás területén több reform értékű lépés is történt az elmúlt időszakban, ilyennek tekinthető a vagyontörvény megalkotása. A javaslatok közül az előirányzat-maradványok "rendszerszerű" áttekintését a pénzügyminiszter nem tartja szükségesnek. Érvelése szerint a maradványokkal kapcsolatban a hatályos jogszabályok meghatározzák és egyben behatárolják a pénzügyminiszter jogait és kötelezettségeit. Másrészt az intézményi maradványok aránya a vizsgált időszakban alacsony volt - ezt a miniszter levelében számokkal is alátámasztja -, ami szerinte az intézmények felelős kötelezettségvállalásait mutatja. Az ÁSZ a pénzügyminiszter észrevételeinek megismerése után is fenntartotta az előirányzat-maradványokkal kapcsolatos javaslatát. A számvevőszéki jelentés felrója a PM-nek, hogy a minisztérium az államháztartás belső pénzügyi ellenőrzésének fejlesztésével kapcsolatos feladatait érdemben nem oldotta meg, elmaradt a belső pénzügyi ellenőrzési rendszer rendszerszemléletű újragondolása, a nemzetközi tapasztalatok adaptálása, a pénzügyi belső kontrollrendszerek és a belső ellenőrzés viszonyának tisztázása és szabályozása. A PM észrevételeiben ezzel szemben úgy véli, hogy az elmúlt években a rendszer számos összetevőjének továbbfejlesztése, korrigálása, felülvizsgálata megvalósult, megtörtént a belső kontrollrendszerek újragondolása, az ezzel kapcsolatos áht-módosítási javaslatot a költségvetési szervek jogállásáról és gazdálkodásáról szóló törvénytervezet tartalmazza. A jelentés kritikákat fogalmaz meg az informatikai területen is. Megállapítja egyebek között: míg az informatikai terület irányítását, koordinációját korábban a PM közigazgatási államtitkárához tartozó, 2004-től működő iroda hatékonyan látta el, az irányítási funkció 2006-ban, a PMISZK-hoz való telepítése nem bizonyult sikeresnek, mert a fejezet érintett intézményei közötti feladat- és erőforrás-megosztást nem rendezték egyértelműen.