A versenyhatóságok közötti együttműködés formái széles skálán mozognak, az informális egyeztetéseknek, a formális, konkrét ügyekhez köthető információcseréknek és a hatóságok közötti ügyelosztásoknak is megvannak a maguk speciális szabályai.
A Tanács említett rendelete az Európai Unió Működéséről szóló Szerződés (EUMSZ) két cikkében lefektetett versenyszabályok végrehajtásáról rendelkezik. Így részleteiben szabályozza az európai dimenziójú versenykorlátozó megállapodások (101. cikk) és a gazdasági erőfölénnyel való visszaélések tilalmába (102. cikk) ütköző jogsértések vizsgálata során irányadó eljárásrendet, többek között a Bizottság által folytatott rajtaütés szabályait is.

A rendelet hatályba lépése után a nemzeti versenyhatóság - így a Gazdasági Versenyhivatal is - közvetlenül alkalmazhatja az EUMSZ 101. és 102. cikkét a tagállamok közötti kereskedelmet érintő jogsértések vizsgálata esetén. Az EU versenyhatóságai közötti együttműködés e téren is felélénkült, hiszen a több tagállam területét érintő kartellek vagy gazdasági erőfölénnyel való visszaélések vizsgálata során nélkülözhetetlenné vált a versenyhatóságok összehangolt fellépése, és a birtokukban lévő információk kicserélése.

A Tanács 139/2004/EK rendelete a vállalkozások közötti összefonódások ellenőrzésének szabályait tartalmazza, amelyek a közösségi léptékű fúziók engedélyezése során követendő eljárásra vonatkoznak. Ennek, és a már említett rendeletnek a szabályai közvetlenül alkalmazandók Magyarországon is, de bizonyos alkalmazási rendelkezéseket a tisztességtelen piaci magatartás és a versenykorlátozás tilalmáról szóló 1996. évi LVII. törvény (Tpvt.) XVI. fejezete is tartalmaz. Ennek alapján az EUMSZ 101. és 102. cikkének alkalmazása során a Tpvt. rendelkezéseit az 1/2003/EK rendeletben meghatározott eltérésekkel kell alkalmazni, a közösségi léptékű összefonódások esetében pedig a Tpvt. rendelkezései csak akkor alkalmazandók, ha a 139/2004/EK rendelet szerinti ügyallokációs rendszer keretében az ügy a GVH-hoz kerül át.

Az ECN tagjainak az 1/2003/EK rendelet 12. cikke alapján lehetőségük van arra, hogy a tudomásukra jutott, birtokukba került információkat, adatokat, dokumentumokat átadják egymásnak, amelyet a fogadó hatóság a saját eljárása során jogosult bizonyítékként felhasználni. Az információcsere - megfelelő garanciák mellett - a bizalmas információkra, köztük az üzleti titkokra és a személyes adatokra is vonatkozik.

Bizonyos esetekben azonban az Európai Bizottság folytatja le az eljárást a nemzeti versenyhatóságok helyett. Erre kerül sor például akkor, amikor a feltételezett jogsértés versenyre gyakorolt hatásai háromnál több tagállam területén jelentkeznek, bizonyos vonatkozásai egyéb közösségi rendelkezéshez szorosan kapcsolódnak, vagy pedig az esetleges következményei felvetik - az EU érdekében - a közösségi versenypolitika alapján történő beavatkozás szükségességét.