Az európai országokban a felsőoktatási intézmények maguk választják meg vezetőiket, köztük a rektort is. A nemzeti felsőoktatási törvényben rögzített szabályozás szerint a magyar állami egyetemek és főiskolák nem választhatják meg felelős vezetőiket. Amennyiben azonban nem a legnagyobb belső támogatottságú jelölt kapja meg a rektori megbízást, az morális válsághoz vezet és ellehetetlenítheti az intézmények irányítását is. A Magyar Rektori Konferencia (MRK) nem tartja elfogadhatónak a rektorválasztás eljárásának jelenlegi törvényi szabályozását, azt, hogy a rektorjelölt személyéről nem a szenátus dönt.

Az MRK, a HÖOK, a gazdasági szereplők és a szakszervezet részvételével működő Felsőoktatási Kerekasztal egyhangúlag javasolta a felsőoktatás - politikai kormányzatnak, hogy a szabad rektorválasztás rendszerét állítsák vissza. Az EMMI és a HÖOK januári megállapodása tartalmazza is az Emberi Erőforrások Minisztériuma ilyen irányú elkötelezettségét. Az MRK megérti és elfogadja az állam azon igényét, hogy az egyes felsőoktatási intézmények stratégiai céljainak meghatározásában, valamint gazdálkodásának ellenőrzésében az eddigieknél nagyobb szerepet kíván vállalni. Ennek eszközeként terjesztette a Magyar Rektori Konferencia a Felsőoktatási Kerekasztal résztvevői elé azt a javaslatot, hogy az állam Fenntartói Testületen keresztül elégítse ki ezen igényét. A Felsőoktatási Kerekasztal egyhangúlag egyetértett a javaslattal és kidolgozta a Testület részletes feladatkörét is.

A Magyar Rektori Konferencia nem támogatja azt a jelenlegi jogi szabályozással ugyan nem ellentétes, ám legitimációhiányos eljárást, melyben a kinevezésre jogosult elé nem a legnagyobb intézményi egyetértéssel bíró, a szenátus által többségi szavazattal elismert jelölteket terjesztik fel. A Magyar Rektori Konferencia egyhangúlag kéri a szabad rektorválasztás biztosítását, ezzel egyidejűleg támogatja a Fenntartói Testület létrehozását. A Magyar Rektori Konferencia javasolja, hogy az ezzel kapcsolatos konkrét törvénymódosítási javaslatot a Felsőoktatási Kerekasztal tárgyalja és a felsőoktatási kormányzat szeptemberig terjessze az Országgyűlés elé.

Ezzel szemben Klinghammer István, az Emberi Erőforrások Minisztériumának (Emmi) felsőoktatásért felelős államtitkára a Napi Gazdaságnak azt mondta (Napi Gazdaság, 2013. április 25.), hogy az indirekt támogatás az államit tehermentesíti, amelynek felhasználásához, elosztásához viszont kancellárra van szükség. Amikor rektor lett, az ELTE TTK 25 milliárd forintot kapott az államtól, ennek felhasználása óriási feladat jelentett számára. A kancellár alkalmazása a második világháborúig általános és bevett szokás volt Európa-szerte: a rektor a tudománnyal és az oktatással foglalkozott, a kancellár asztalára a gazdasági ügyek tartoztak. A kancellárok alkalmazását nem a rektorok ellenében pártolja az Emmi. Előbbi egy olyan jól felkészült, a gazdasági életben − ezen belül is az államigazgatásban, az EU-s pályáztatási rendszerben − jártas szakember, aki kifejezetten a felsőoktatási intézmények gazdasági igazgatására specializálódott. Az egy általános téveszme, hogy a kancellár az állam képviselője, és komisszárként rátelepszik az intézményre. A rektor és a kancellár viszonyát a gróf úr és a jószágigazgatóéhoz tudnám leginkább hasonlítani - tette hozzá Klinghammer