Az egyik ügy a 2008. január 1-jén hatályba lépett új áfatörvény alkalmazásával kapcsolatos. Az Uszodaépítő Kft. építési munkák kivitelezését vállalta, a munkák elvégzésére pedig alvállalkozókat szerződtetett. Az építkezés 2007 tavaszán kezdődött meg, majd még abban az évben félbeszakadt, az addig elvégzett munkákról a számlák megfelelően kiállították, a felmerült áfát az érintettek a jogszabályoknak megfelelően befizették.

Az új áfatörvény hatályba lépésekor a felek úgy nyilatkoztak, hogy a projekttel kapcsolatban elvégzendő jövőbeli munkákra vonatkozóan már az új törvény szerint szeretnének az áfakötelezettségüknek eleget tenni. Az adóhatóság álláspontja szerint ez a nyilatkozat azzal a következménnyel jár, hogy a beruházás már megvalósult részét érintő áfateljesítéseket is felül kellett volna vizsgálni, és azokra az új törvény rendelkezéseit visszamenőleg kellett volna alkalmazni. Ennek érdekében pedig az Uszodaépítőnek a korábbi áfabevallását önellenőrzéssel kellett volna módosítania, és mivel ez elmaradt, ezért a cégnél az APEH adóhiányt állapított meg.

Az ügyben eljáró Baranya Megyei Bíróság azt kérdezi az EB-től, hogy a hatodik áfairányelvvel, valamint a bizalomvédelem, a jogbiztonság és az arányosság elvével összhangban van-e az új áfa-törvény azon rendelkezése, amely bizonyos esetekben a korábbi törvény szerint megtett adóbevallások felülvizsgálatát írja elő.

A másik ügyben a felperes Uzonyi József. A közös agrárpolitika keretébe tartozó közvetlen támogatási rendszerekről szóló uniós rendeletet végrehajtó FVM-rendelet 2007. július 15-ig hatályos rendelkezései alapján csak annak a cukorrépa-termelőnek járt elkülönített cukortámogatás, aki saját maga szállította be feldolgozásra a cukorrépát. E szabályozás kizárta a támogatásból azokat a termelőket, akik nem közvetlenül szerződtek a cukorgyárral, hanem integrátorral kötöttek termeltetési szerződést, aki az általa integrált termelők területei után rendelkezett szállítási joggal.

Ebben az ügyben a termesztett cukorrépáját integrátor útján beszállító termelő 2006 folyamán elkülönített cukortámogatási kérelmet nyújtott be a Mezőgazdasági és Vidékfejlesztési Hivatalhoz. Kérelmét azonban elutasították, mivel répaszállítási joggal maga nem, csak integrátora rendelkezett. A jogvita a Fővárosi Bíróság elé került, amely azt kérdezte 2009. áprilisában az EB-től, hogy az uniós rendelet 2006. december 31-ig hatályban volt azon rendelkezéséből, amely szerint a „támogatás megítéléséről tárgyilagos és megkülönböztetéstől mentes kritériumok alapján döntenek", következik-e, hogy a támogatásra való jogosultság szempontjából nem lehetett volna különbséget tenni a termelők között aszerint, hogy saját maguk vagy integrátor útján szállították be a cukorrépát feldolgozásra.