Az innovációs alapnál a kormány azzal szembesült, hogy a pályázatok kivétel nélkül átvizsgálást igényelnek a kifizetések megkezdése előtt − mondta Molnár Ágnes, a Nemzeti Fejlesztési Minisztérium (NFM) fejlesztéspolitikai koordinációért felelős államtitkára az MTI-Ecónak. Az innovációs alap átadás-átvételekor 3612 támogatási szerződéssel rendelkező pályázatot és 2528 döntéssel nem rendelkező pályázatot vettek át. Az átvett és döntéssel rendelkező pályázatoknál a jogi és szerkezeti átalakítást követően a kifizetések megkezdődtek. A jelenlegi állapot szerint 1014 darab kifizethető, ebből 391 projekt kifizetését a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség megkezdte 3 milliárd 18 millió forint értékben (Napi Gazdaság, 2011. április 18.). Több mint egymilliárd forint támogatás kifizetése már folyamatban van − jelentette be Molnár. A mintegy 2,6 milliárdos kifizetetlen állományt az NFÜ az NKTH-tól vette át.