Az unióhoz 2004-ben csatlakozott Málta először fogja ellátni a félévente tagállamról tagállamra szálló tisztet Málta már véglegesítette az elnökség programját és annak prioritásait: az ország elsősorban a migráció, a biztonság, az egységes piac, a társadalmi integráció, a szomszédságpolitika és a tengerekre vonatkozó politika kérdésére kíván összpontosítani.

Vallettai tájékoztatás szerint a legnagyobb hangsúlyt a migrációs válság kezelésére fogják helyezni. Céljuk egy közös uniós menekültügyi ügynökség létrehozása, a dublini rendszer reformja, illetve az, hogy az EU olyan újabb megállapodásokat kössön a főbb afrikai migrációs származási és tranzitországokkal, amelyek lehetővé teszik a bevándorlóáradat hatékonyabb kezelését. Dolgozni kívánnak egyebek mellett az uniós külső határok megerősítésén, a tagállamok közti biztonsági együttműködés fokozásán, egy új utas-nyilvántartási rendszer felállításán, valamint az egységes belső piac elmélyítésén, a roamingdíjak felszámolásán és a kis- és középvállalkozások támogatásán is.

Louis Grech máltai miniszterelnök-helyettes nemrégiben közölte, országa elnöksége a várakozások szerint elősegíti majd az Európai Unió iránti bizalom javulását. Az elnökségi félév nyitóeseményére a Jean-Claude Juncker vezette Európai Bizottság tagjai január 11-én Vallettába látogatnak, ahol a máltai prioritásokról fognak egyeztetni.

A rotációs elnökség a Lisszaboni Szerződés életbe lépése óta valamelyest veszített korábbi jelentőségéből, főként amiatt, hogy a külügyi tanács üléseit már nem az elnöklő ország külügyminisztere, hanem az EU kül- és biztonságpolitikai főképviselője vezeti. A többi szakminiszteri tanácskozáson azonban továbbra is az érintett ország feladata a napirend kialakítása, az álláspontok közelítése és a kompromisszumok elérése. Málta után Észtország fog következni, mivel az Egyesült Királyság lemondott a 2017 második félévében esedékes soros uniós elnökségéről, miután júniusban a kilépés támogatói kerültek többségbe a szigetország uniós tagságáról kiírt népszavazáson. Magyarország 2011 első felében látta el először az EU elnökségét, és 2024-ben fog ismét sorra kerülni.