A Versenytanács a bíróságokhoz hasonló önállóságot élvező döntéshozó szerv, ám szervezetileg, költségvetési és munkajogi szempontból a Versenyhivatal, azaz végső soron a döntéseket előkészítő apparátus, illetve annak elnöke alárendeltségében működik. Ez a konstrukció a VT függetlenségét komoly értéknek tartó Berke és a gördülékeny hivatali működést szem előtt tartó Nagy Zoltán GVH-elnök között számos vita forrásává vált. A két, konzervatív kormányzatokhoz köthető vezető (Nagy Zoltán korábban az Antall–Boross-kormány pénzügyi államtitkára volt, Berke Barnát pedig 2000-ben Orbán Viktor miniszterelnök javaslatára nevezte ki a VT vezetőjévé a köztársaság elnöke) kapcsolata megromlott.