Az eredeti rendelet július 1-től valamennyi operatív programra kötelezővé tette volna a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség, illetve a közreműködő szervezet számára azt, hogy a folyamatba épített ellenőrzés részeként gondoskodnia kell a kockázatelemzésen alapuló mintavételezéssel kiválasztott projektek helyszíni ellenőrzéséről. Ennek keretében különösen figyelni kell a közbeszerzéseknél a benyújtott dokumentumok eredeti dokumentumokkal való összhangját, a benyújtott dokumentumok valódiságát, a dokumentumok megőrzésére vonatkozó szabályokat. Ezt a szabályt hatályon kívül helyezte az új rendelet.
Továbbra is hatályos marad azonban az a szabály, hogy a Regionális Operatív Programoknál az uniós alapokból származó támogatásból megvalósított közbeszerzések ellenőrzési szabályait kell alkalmazni.