Ezekből az ügyekből jelenleg alig több mint kétszáz van folyamatban, a többi lezárt panaszt tekintve a pályázók mindössze harmadának adott igazat az intézményrendszer; az esetek kétharmadában megerősítették az elutasító döntést.

Aki nem ért egyet az NFÜ határozatával, az a nemzeti fejlesztési miniszterhez fordulhat. A 650 jogorvoslat harmadánál a szakminiszter a pályázónak adott igazat, kétharmadában pedig az NFÜ-nek.

Ez azonban nem jelenti azt, hogy a nyertes panaszos megkapja az uniós forrást, hanem pályázata ismét a bírálóbizottság elé kerül. A szakminiszter által visszaküldött esetek kétharmadában a bírálatok a pályázó számára pozitívan zárultak, a többi azonban ismét elbukott.

A legtöbb panasz jellemzően azokhoz a felhívásokhoz érkezett, amelyeknél már eleve magas a beadott pályázatok száma; ilyen például a mikro-, kis- és középvállalkozások technikai fejlesztése, az e-kereskedelem, vagy az akadálymentesítés.